对于一些比较精密的实验来说，实验器皿中存在细微的杂质都有可能导致实验结果的偏差甚至失败，因此实验室玻璃器皿的清洗尤为重要。
玻璃器皿又分为一般的玻璃器皿和特殊玻璃器皿附着玻璃器皿上的污垢大致有两类，一类是用水即可清洗干净的，另一类则是必须使用清洗剂或特殊洗涤剂才能清洗干净的。
在实验中，无论附在玻璃器皿上的污垢属哪一类，用过的器皿都应立即清洗。盛过糖、盐、淀粉、泥砂、酒精等物质的玻璃器皿，用水冲洗即可达到清洗目的。应注意，若附着污物已干硬，可将器皿在水中浸泡一段时间，再用毛刷边冲边刷，直至洗净。
玻璃器皿沾有油污或盛过动植物油，可用洗衣粉、去污粉、洗洁精等与配制成的洗涤剂进行清洗。清洗时要用毛刷刷洗，用此洗涤剂也可清洗附有机油的玻璃器皿。玻璃器皿用洗涤剂清洗后，还应用清水冲净。对附有焦油、沥青或其他高分子有机物的玻璃器皿，应采用有机溶剂，如汽油、苯等进行清洗。若还难以洗净，可将玻璃器皿放入碱性洗涤剂中浸泡一段时间，再用浓度为5%以上的碳酸钠、碳酸氢钠、氢氧化钠或磷酸钠等溶液清洗，甚至可以加热清洗。在化学反应中，往往玻璃器皿壁上附有金属、氧化物、酸、碱等污物。清洗时，应根据污垢的特点，用强酸、强碱清洗或动用中和化学反应的方法除垢，然后再用水冲洗干净。
使用酸碱清洗时，应特别注意安全，操作者应带橡胶手套防护镜，操作时要使用镊子，夹子等工具，不能用手取放器皿。光学玻璃表面发霉，是一种常见现象。当光学玻璃生霉后，光线在其表面发生散射，使成像模糊不清，严重者将使仪器报废。光学玻璃生霉的原因多是因其表面附有微生物孢子，在温度、湿度适宜，又有所需″营养物″时，便会快速生长，形成霉斑。
对光学玻璃做好防霉防污尤为重要，一旦产生霉斑应立即清洗。消除霉斑，清洗霉菌可用0.1～0.5%的乙基含氢二氯硅烷与*配制的清洗剂清洗，湿潮天气还要掺入少量的，或用环氧丙烷、稀氨水等清洗。使用上述清洗剂也能清洗光学玻璃上的油脂性雾、水湿性雾和油水混合性雾等。
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